沙巴大学在1999年1月于纳闽岛成立了一所国际分校，有“海滩校园”之称，因为其地理位置靠近海滩。在2011年时，在山打根设立农业学院。沙大总校之前共有9所学院及一所中心，即知识与语言学习中心。之后在2003年，沙大创立了医学院，使到总校学院总数增至10所。2006年,农业学院在总校成立，并在2011年搬迁至山打根分校。

　　沙巴大学硕士学费

　　沙巴大学硕士课程共2年

　　科学系：35000人民币；

　　工程与信息技术：45000人民币；

　　文学：32000人民币；

　　商业系：42000人民币。

　　马来西亚沙巴大学硕士专业都是两年学制，马来西亚沙巴大学硕士专业课程包括科学硕士、工程与信息技术硕士、文学硕士和商业硕士。其中马来西亚沙巴大学工程与信息技术硕士是比较热门的专业。

　　沙巴大学工程与信息技术硕士专业课程包括：通信与网络，主要学习通信和信息理论、无线通信、纠错编码, 伪随机信号设计、宽带通信网络、网络协议和仿真、互联网、网络生存性。电路与系统主要学习VLSI合成、超低功率、热管理、建模、射频、微波、电磁学、电机驱动、电力电子转换器,可再生能源系统、生物医学治疗设备, 成像、信号处理、e-health医疗软件。计算机与软件，主要学习节能计算机体系结构、芯片多处理器并行编程,数字ASIC合成、人工智能、自然语言处理、计算机网络软件、语义网、移动服务。